Очень часто многие члены Якудза носят яркие костюмы и солнцезащитные очки, поэтому они легко распознаются простыми жителями («катаги», «katagi»). Даже манера ходить выдаёт Якудза из толпы: их высокомерная и размашистая походка заметно отличается от походки простых жителей, занятых своими обычными ежедневными делами. Или же Якудза может одеться вполне скромно, но при этом при необходимости выставит часть татуировок напоказ, указывая свой род деятельности. Иногда Якудза носят маленькие эмблемки на лацканах пиджаков, а одна семья Якудза как-то даже издавала ежемесячный бюллетень с детальной информацией касательно сроков отсидки, свадеб, похорон, убийств членов семьи. Также в бюллетень входили стихи лидеров семьи...
До недавнего времени большинство доходов Якудза поступало из торговых и развлекательных районов, а также кварталов красных фонарей, которые находились под защитой Якудза от разного рода рэкетиров. Как правило, такие районы избегают связываться с полицией, предпочитая быть под «тёплым крылышком» Якудза. Японские полицейские также в свою очередь отказываются вмешиваться во внутренние дела таких общин, как торговые ряды, школы/университеты, «ночные» районы и иже с ними. В этом смысле Якудза всё ещё расцениваются, как полузаконные организации. Очень часто якудза занимаются специализированной японской формой вымогательства, известной, как «сокая» («sōkaiya», 総会屋). Сокая по сути является специализированной формой защиты от рэкета. Якудза не третируют малый бизнес, предпочитая запугивать акционеров крупных корпораций. Например, они пугают обычного держателя акций присутствием головорезов из своих кланов и получают право на участие в совещании и небольшой покупкой акций. Занимаются Якудза и обычным шантажом, получая уличающую или компрометирующую лидеров или участников тех или иных компаний информацию. После того, как Якудза закрепляются в той или иной компании, они становятся её защитниками, оберегая от воздействия внутренних скандалов на общественность.
Кланы Якудза возглавляет оябун или кумитё (kumichō, 組長, «глава семьи»), который отдаёт приказы своим подчинённым-кобун. В связи с этим организация Якудза является своеобразной вариацией традиционных японских отношений сэмпай-кохай. Члены банд Якудза переносят семейные отношения в кланы в том смысле, что относятся друг к другу, как к отцу или как к старшим/младшим братьям. В кланах Якудза практически все члены - это мужчины и женщин очень мало. Однако, если они есть, их принято называть «o-nee-san» (お姉さん, «старшая сестра»). Когда глава Ямагути-гуми в конце90-х гг. был убит, его жена, хоть и на краткий срок, приняла бразды правления семьёй.
Якудза имеют очень сложную структуру: существует самый главный босс синдиката – кумитё, сразу за которым идёт сайко комон («saiko komon», 最高顧問, «старший консультант»), а за ним – со-хонбутё («so-honbucho», «начальник штаба»). На следующем уровне командования стоит вакагасира («wakagashira»), который управляет несколькими кланами в регионе, а непосредственно кланом при этом управляет сятэйгасира (shateigashira).
Sumiyoshi-rengo (住吉会), иногда называется как Sumiyoshi-kai (住吉会) Сумиёси –рэнго - это вторая самая крупная семья якудза, в которой состоят около 10000 членов в 177 кланах .Сумиёси -кай, как ее иногда называют, является своеобразной конфедерацией малых групп якудза.Её нынешним оябуном является Сигэо Нисигути (Shigeo Nishiguchi). По своей структуре Сумиёси-кай отличается от своего главного соперника, Ямагути-гуми. Цепь из нескольких кланов представляется более слабой и, хотя Нисигути является высшим оябуном, руководство семьёй вместе с ним делят несколько других членов Сумиёси-кай.
Inagawa-kaп (稲川会) Инагава-кай – третья крупнейшая семья якудза в Японии, в неё входит 7400 членов, которые распределены по 133 кланам. Штаб-квартиры семьи расположены в Токио и Иокогаме, а сама Инагава-кай была одной из первых семей якудза, которые расширили область своего влияния за пределы Японии. Нынешний оябун семьи – Какудзи Инагава (Kakuji Inagawa).
